Транскриптомику используют в помощь в борьбе с коронавирусом
Транскриптомику используют в помощь в борьбе с коронавирусом

Анализ генов поможет лечить COVID-19: транскриптомику используют в помощь в борьбе с коронавирусом

Транскриптомику используют в помощь в борьбе с коронавирусом

Набор транскриптомных сигнатур SARS-CoV-2 ученые из США использовали для ранее разработанного конвейера репозиции лекарств. Такой подход оказался эффективным, поскольку он смог точно определить потенциальных кандидатов их числа лекарственных препаратов для лечения COVID-19. Несмотря на пандемию, многомесячное присутствие болезни в разных странах мира и постоянный поиск методов ее лечения, ученые признают: по сей день отсутствуют клинически проверенные подходы.

Один из подходов, который неожиданно получил одобрение и признан эффективным, - репозиционирование лекарств. Он исследовался во время пандемии и ученые пришли к выводу, что конвейеры высокопроизводительного скрининга следует признать жизнеспособными стратегиями для тестирования кандидатов в лекарства, поскольку они быстро выявляются.


Исследования проводят специалисты Института компьютерных медицинских наук Бакара Калифорнийского университета в Сан-Франциско. Они применили свой существующий вычислительный конвейер для репозиции лекарств к сигнатурам дифференциальной экспрессии гена SARS-CoV-2, полученным из общедоступных данных секвенирования РНК. В результате данные оказались получены из различных типов тканей.

И это означает, что каждый тип может пройти терапевтическое лечение, продемонстрировать эффект для каждой сигнатуры, чтобы потом объединить все результаты. Исследователи говорят, что в своем новом методе они использовали три независимые сигнатуры экспрессии генов.

И каждая из них состояла их экспрессируемых генов между образцами SARS-CoV-2 и их соответствующими контролями. Ученые подтвердили и валидность – демонстрацией ингибирующих эффектов 16 из их лекарств. Препаратам удалось значительно изменить несколько проявлений SARS-CoV-2 в живых противовирусных анализах.


В двадцати пяти случаях общих совпадений было выявлено 4 препарата - бакампициллин, клофазимин, галоперидол, вальпроевая кислота, у которых оказалось высоким совпадение по всем трем сигнатурам.

Дальнейшие эксперименты помогли выявить 25 терапевтических кандидатов из 102 препаратов, имеющих высокую противовирусную активность.